โครงสร้างของการเขียนผังงานคอมพิวเตอร์แบ่งออกเป็น 3 รูปแบบหลักๆ ซึ่งสามารถนำมาประกอบกันเพื่อแก้ปัญหาที่ซับซ้อนได้
เป็นโครงสร้างที่เรียบง่ายที่สุด ทำงานจากบนลงล่างตามลำดับทีละขั้นตอน โดยไม่มีการข้ามขั้นตอน และไม่มีทางแยก
เป็นโครงสร้างที่มี "เงื่อนไข" เข้ามาเกี่ยวข้อง ทำให้โปรแกรมต้องตัดสินใจเลือกเส้นทางใดเส้นทางหนึ่ง (มักจะแยกเป็น 2 ทาง คือ ใช่ หรือ ไม่ใช่, จริง หรือ เท็จ)
เป็นโครงสร้างที่มีการวนกลับไปทำงานในขั้นตอนเดิมซ้ำๆ จนกว่าเงื่อนไขที่กำหนดไว้จะเป็นเท็จ จึงจะหลุดออกจากการทำซ้ำ